La utilización de herramientas genómicas permite entender la biología de enfermedades comunes y en base a este conocimiento el desarrollo de nuevas herramientas que permiten mejorar el diagnóstico, evaluar el pronóstico y personalizar el tratamiento de los pacientes.
Un área de gran interés para el laboratorio de genómica clínica es el uso de herramientas genómicas y biotecnológicas en la identificación de biomarcadores en saliva para el diagnóstico de enfermedades de la cavidad oral y enfermedades sistémicas principalmente cáncer.
El Laboratorio de Genómica Clínica se ubica en el edificio principal de la División de Estudios de Posgrado e Investigación (DEPeI) de la Facultad de Odontología, dentro del Campus de Ciudad Universitaria muy cerca de la estación del metro Universidad, a un lado del CENDI y frente a la Facultad de Veterinaria y Zootecnia.
La medicina genómica está permeando cada vez más en el diagnóstico y tratamiento de enfermedades comunes y en algunos casos se convertirá en parte imprescindible del manejo de los pacientes. La misión del Laboratorio de Genómica Clínica es generar y dar acceso a las tecnologías genómicas a clínicos, investigadores y pacientes en el área odontológica y médica con el objetivo de desarrollar herramientas de aplicación clínica que permitan mejorar el diagnóstico y tratamiento de padecimientos comunes.
Visión
La visión del Laboratorio de Genómica Clínica es consolidarse como un centro de secuenciación e interpretación de datos genómicos para proyectos de investigación aplicada, estandarización de herramientas clínicas mejorando la calidad, interpretación y validación de datos.
Objetivo
Análizar la saliva con estrategias genómicas y bioinformaticas para obtener potenciales biomarcadores de distintas enfermedades.
La Dra. Gabriela E. Mercado Celis, imparte cursos que forman parte de diferentes programas en la División de Estudios de Posgrado e Investigación de la Facultad de Odontología de la UNAM, entre los que se encuentran:
Además, el Laboratorio se interesa en realizar otras actividades como:
Seminarios y coloquios
El Laboratorio realiza de manera continua seminarios y coloquios donde participan tanto profesores/investigadores como alumnos, con el fin profundizar y actualizar la información de cada línea de investigación. Podrás consultar los eventos en el apartado de Calendario de actividades
Servicio Social
El Laboratorio cuenta con un programa de servicio social registrado en la Facultad de Odontología.
Para realizar el servicio social se debe cumplir con los siguientes aspectos:
Interés en cualquiera de las líneas de investigación.
Entrevista previa con la Dra. Gabriela E. Mercado Celis.
Constancia de Avance de créditos y/o Historia Académica con el 80% de créditos cursados.
Comprobante de seguro médico vigente. (Obligatorio).
Cubrir las 960 horas reglamentarias en un mínimo de 6 meses y como máximo en 2 años.
NOTA: El alumno de Servicio Social tiene como opción titularse con las tareas realizadas durante su estancia en el Laboratorio.
Si desea mayores informes sobre docencia, por favor, contacte a:
Nombre del contacto: Dra. Gabriela E. Mercado Celis.
En el Laboratorio de Genómica Clínica de la Facultad de Odontología, UNAM, ofrecemos nuestros servicios a toda la comunidad científica interesada. Los cuales se enlistan a continuación:
FluorómetroQubit 3.0
Descripción: Los tintes fluorescentes utilizados en los ensayos de Qubit emiten señales solo cuando se unen a moléculas diana específicas, incluso a bajas concentraciones, minimizando así los efectos de los contaminantes, incluido el ADN o ARN degradado. El diseño integrado del instrumento y los ensayos da como resultado una cuantificación que es mucho más sensible que la absorbancia UV.
PCR tiempo real (CFX96 Touch™ Real-Time PCR Detection System, BioRad)
Descripción: Este procedimiento es una variante de la reacción en cadena de la polimerasa utilizada para amplificar y simultáneamente cuantificar de forma absoluta el producto de la amplificación de ácido desoxirribonucleico.
PCR digital (QX200™ Droplet Digital™ PCR System, BioRad)
Descripción: PCR Digital (dPCR) is la 3ª generacion de PCR permite una cuantificacion precisa de acidos nucleicos. Cuantifica el numero total de moleculas inidiviudales en un formato digital por lo cual es un metodo excelente para estudios donde se tiene una baja disponibilidad de muestra y se requiere alta sensibilidad y especificidad.
La muestra es dividida en numerosas reacciones separadas, hasta lograre que en cada reaccion exista 1 o 0 moleculas de interes. La cuantificacion abosulta se obtiene dividiendo el numero total de moleculas blanco por el total del volumen. Esta metodologia permite una cuantificación precisa y altamente sensible de ácidos nucleicos, sin la necesidad de curvas estándar.
Secuenciación de Nueva Generación (MiSeq System Illumina)
Descripción: La secuenciación de nueva generación es capaz de identificar señales emitidas por bases nucleotídicas cuando el fragmento es resintetizado, a través de millones de reacciones paralelas de forma masiva. Los secuenciadores de Illumina son capaces de producir datos en el orden de gigabases en una sola corrida de secuenciación.
Para utilizar estos equipos, los usuarios deberán previamente adquirir reactivos y consumibles con los proveedores de su preferencia o bien diseñar ellos mismos sus propios ensayos. Recomendamos que preparen su muestra en sus propios laboratorios para evitar al máximo los problemas de contaminación cruzada. Sin embargo, de no ser posible, contarán con un espacio exclusivo para esto en nuestro laboratorio.
Es importante que los usuarios reserven con anticipación el día y la hora para el uso de cualquiera de los equipos con que contamos.
Proveedores exclusivos de Bio Rad e Illumina
Distribuidor autorizado Bio Rad
Crissof de México
California 111, Col. Parque San Andrés, Coyoacán
+52 (55) 5594 0758
crissof@crissof.com.mx
Contacto:
MVZ Francisco F Galicia Juárez
+52 (55) 6839-1420
franisco@crissof.com.mx
Distribuidor autorizado Illumina
Analitek
Del Valle 03100
+52 (55) 5543 1442
Contacto:
José Carlos Mata Lozano
+52 (55) 1510-7423
cmata@analitek.com
Si desea mayores informes sobre nuestros servicios, por favor, contacte a:
Nombre del contacto: Dra. Gabriela E. Mercado Celis.
1000 familias: Estudio de Factores de Predisposición Genética y Ambiental para Cáncer Pediátrico.
En México, el cáncer pediátrico es la primera causa de muerte por enfermedad. Pese a la mejora en el diagnóstico y tratamiento de esta patología, en México, la supervivencia global a 5 años permanece baja en comparación con países de altos ingresos. Además, existen diferencias causales y clínicas entre el cáncer de adultos y el pediátrico, para las cuales, aún existe información escasa respecto al papel de factores genéticos y ambientales.
Debido a la corta edad al diagnóstico, se ha propuesto que las variantes germinales principalmente en genes de predisposición a cáncer, tienen un papel más importante como factores causales, sin embargo, la frecuencia y espectro de dichas variantes no es del todo conocido. El objetivo de este proyecto es estudiar las bases genéticas y ambientales en cáncer pediátrico, mediante la secuenciación de exoma humano completo por secuenciación masiva paralela (NGS por sus siglas en inglés) en niños con cáncer y sus padres biológicos para identificar la prevalencia de mutaciones germinales y, entender si su origen fue por herencia de alguno o ambos padres o, si se generó de novo por la exposición a un factor ambiental en la etapa preconcepción, gestación o postnatal.
Estudio descriptivo del perfil microbiano de saliva y lavado bronquial para la identificación de biomarcadores de adenocarcinoma pulmonar.
Actualmente el cáncer de pulmón es la primera causa de muerte por cáncer en México y el mundo, esto debido a un diagnóstico tardío. En México el 85% de los casos son diagnosticados en estadio avanzado, con una sobrevida menor al 10%.
Aunque existen diversas opciones terapéuticas, el diagnóstico temprano será una mejor herramienta para incrementar la sobrevida de los pacientes.
La búsqueda de biomarcadores en biofluídos puede ayudar al tamizaje y diagnóstico temprano de población en riesgo. Existen diversos marcadores biológicos, uno de ellos son perfiles microbianos. Sabemos que las alteraciones en la microbiota afectan la relación simbiótica y pueden promover estadios de enfermedad por lo tanto la utilización de biofluídos como saliva y lavado bronquial, puede ser una alternativa viable.
Caracterización del microbioma salival en pacientes pediátricos con cáncer
El cáncer es una de las principales causas de muerte en niños y adolescentes a nivel mundial. Anualmente, se diagnostican más de 400,000 niños con esta enfermedad. En México es la segunda causa de muerte. Diferentes factores pueden influir en la carcinogénesis. La pérdida del equilibrio en el microbioma a causa de cambios en los factores como, la dieta, estilo de vida o infecciones, pueden alterar la relación simbiótica promoviendo estadios de enfermedad. La diversidad microbiana de la cavidad oral se ha asociado a enfermedades malignas. Los microorganismos orales aumentan la producción de citosinas y otros mediadores inflamatorios que participan en vías metabólicas que pueden estar asociadas con la carcinogénesis. Reportes previos, demuestran que una pobre higiene oral se asocia con algunos tipos de cáncer, como el pancreático, gastrointestinal. Sin embargo, la diversidad taxonómica de la microbiota oral y su papel en el cáncer pediátrico han sido poco estudiadas.
En nuestro grupo de trabajo tenemos un gran interés en conocer la composición del microbiota oral en pacientes con cáncer infantil, usando la saliva como un fluido diagnóstico, la cual ofrece muchas ventajas en contraste con otras biofluídos, ya que su recolección no requiere métodos invasivos y los riesgos son mínimos, además, puede ser recolectada en situaciones clínicamente difíciles. Nuestro principal objetivo es caracterizar el microbioma oral de saliva en pacientes con cáncer pediátrico mediante secuenciación masiva en paralelo utilizando el sistema MiSeq para el gen ribosomal 16s. Los cambios en el microbioma oral en pacientes con cáncer nos permitirán seleccionar biomarcadores con potencial diagnóstico y pronóstico.
Identificación de miRNAs específicos de exosomas salivales en pacientes con cáncer pediátrico
En México, el cáncer es la principal causa de muerte por enfermedad entre niños de 5 y 14 años. La saliva humana es un biofluído que proporciona una alternativa no invasiva, fácil y barata comparado con el muestreo de tejido y sangre. En dicho biofluido se pueden encontrar exosomas salivales, que son pequeñas vesículas celulares cuyo tamaño puede variar de 30 a 100 nm, resultado de la fusión de cuerpos multivesiculares con la membrana plasmática, son secretados por todo tipo celular, contienen proteínas, lípidos y ácidos nucleicos como miRNAs, pequeños RNAs que desempeñan un papel central en la regulación de la expresión génica y su expresión aberrante en cáncer. La evidencia de que las células tumorales se comunican a través de la secreción de miRNAs en los fluidos corporales y que estas moléculas pueden empaquetarse en exosomas y entregarse a las células diana ha abierto escenarios interesantes para el uso de estas moléculas como nuevos biomarcadores. El objetivo de este proyecto es: identificar el perfil de miRNAs de exosomas salivales en pacientes con cáncer pediátrico y sin cáncer por medio del análisis por secuenciación masiva paralela.
Genomics of a pediatric ovarian fibrosarcoma. Association with the DICER1 syndrome.
Melendez-Zajgla J, Mercado-Celis GE, Gaytan-Cervantes J, Torres A, Gabiño NB, Zapata-Tarres M, Juarez-Villegas LE, Lezama P, Maldonado V, Ruiz-Monroy K, Mendoza-Caamal E.
Sci Rep. 2018 Feb 19;8(1):3252. doi: 10.1038/s41598-018-21663-9.
PMID: 29459759
Differential gene expression profiles according to the Association for the Study of Lung Cancer/American Thoracic Society/European Respiratory Society histopathological classification in lung adenocarcinoma subtypes. Molina-Romero C, Rangel-Escareño C, Ortega-Gómez A, Alanis-Funes GJ, Avilés-Salas A, Avila-Moreno F, Mercado GE, Cardona AF, Hidalgo-Miranda A, Arrieta O. Hum Pathol. 2017 Aug;66:188-199. doi: 10.1016/j.humpath.2017.06.002. Epub 2017 Jun 9.
Analysis of Gene Candidate SNP and Ancestral Origin Associated to Obesity and Postoperative Weight Loss in a Cohort of Obese Patients Undergoing RYGB. Velázquez-Fernández D, Mercado-Celis G, Flores-Morales J, Clavellina-Gaytán D, Vidrio R, Vidrio E, Mosti M, Sánchez-Aguilar H, Rodriguez D, León P, Herrera MF. Obes Surg. 2017 Jun;27(6):1481-1492. doi: 10.1007/s11695-016-2501-9
Homozygosity for the WRN Helicase-Inactivating Variant, R834C, does not confer a Werner syndrome clinical phenotype.Kamath-Loeb AS, Zavala-van Rankin DG, Flores-Morales J, Emond MJ, Sidorova JM, Carnevale A, Cárdenas-Cortés MD, Norwood TH, Monnat RJ, Loeb LA, Mercado-Celis GE. Sci Rep. 2017 Mar 9;7:44081. doi: 10.1038/srep44081
CEMP1 Induces Transformation in Human Gingival Fibroblasts. Bermúdez M, Imaz-Rosshandler I, Rangel-Escareño C, Zeichner-David M, Arzate H, Mercado-Celis GE. PLoS One. 2015 May 26;10(5):e0127286. doi: 10.1371/journal.pone.0127286. eCollection 2015
Cementum proteins: role in cementogenesis, biomineralization, periodontium formation and regeneration. Arzate H, Zeichner-David M, Mercado-Celis G. Periodontol 2000. 2015 Feb;67(1):211-33
Complementary genomic approaches highlight the PI3K/mTOR pathway as a common vulnerability in osteosarcoma. Perry JA, Kiezun A, Tonzi P, Van Allen EM, Carter SL, Baca SC, Cowley GS, Bhatt AS, Rheinbay E, Pedamallu CS, Helman E, Taylor-Weiner A, McKenna A, DeLuca DS, Lawrence MS, Ambrogio L, Sougnez C, Sivachenko A, Walensky LD, Wagle N, Mora J, de Torres C, Lavarino C, Dos Santos Aguiar S, Yunes JA, Brandalise SR, Mercado-Celis GE, Melendez-Zajgla J, Cárdenas-Cardós R, Velasco-Hidalgo L, Roberts CW, Garraway LA, Rodriguez-Galindo C, Gabriel SB, Lander ES, Golub TR, Orkin SH, Getz G, Janeway KA. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Dec 23;111(51):E5564-73. doi: 10.1073/pnas.1419260111. Epub 2014 Dec 15.
Maldonado S, Romo E, Serrano J, Perez A, Guerra C, Zeichner-David M, Mercado G, Arzate H, Cementum protein 1 (CEMP1) activates p38 and JNK during the mineralisation process by cementoblast-like cells in vitro. Cell Biology International Reports. 2013
Eun HyunAhn, Gabriela E Mercado, Marick Laé, Marc Ladanyi. Identification of target genes of PAX3-FOXO1 in alveolar rhabdomyosarcoma. Oncology Reports. 2013
Fetter-Pruneda I, Geovannini-Acuña H, Santiago C, Ibarrarán-Viniegra AS, Martínez-Martínez E, Sandoval-Velasco M, Uribe-Figueroa L, Padilla-Cortés P, Mercado-Célis G, Gutiérrez-Ospina G. Shifts in developmental timing, and not increased levels of experience-dependent neuronal activity, promote barrel expansion in the primary somatosensory cortex of rats enucleated at birth. PloS One. 2013;8(1):e54940.
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Maldonado S, Romo E, Serrano J, Perez A, Guerra C, Zeichner-David M, Mercado G, Arzate H, Cementum protein 1 (CEMP1) activates p38 and JNK during the mineralisation process by cementoblast-like cells in vitro. Cell Biology International Reports. 20.
Eun HyunAhn, Gabriela E Mercado, Marick Laé, Marc Ladanyi. Identification of target genes of PAX3-FOXO1 in alveolar rhabdomyosarcoma. Oncology Reports. 2013.
Fetter-Pruneda I, Geovannini-Acuña H, Santiago C, Ibarrarán-Viniegra AS, Martínez-Martínez E, Sandoval-Velasco M, Uribe-Figueroa L, Padilla-Cortés P, Mercado-Célis G, Gutiérrez-Ospina G. Shifts in developmental timing, and not increased levels of experience-dependent neuronal activity, promote barrel expansion in the primary somatosensory cortex of rats enucleated at birth. PloS One. 2013;8(1):e54940.
Velazquez Fernandez D, Cerecedo Ponce CV, Mercedo Celis GE. 2012,; Fundamentos de Biología Molecular. En Medina Franco H, Oncologia Clinica. Manual para médico no oncólogos.( Pag 3-12). Mexico, D.F:PyDESA.
Hoz L, Romo E, Zeichner-David M, Sanz M, Nuñez J, Gaitán L, Mercado G, Arzate H. Cementum protein 1 (CEMP1) induces differentiation by human periodontal ligament cells under three-dimensional culture conditions. Cell Biol Int. 2012 Feb 1;36(2):129-36.
Mercado GE, Xia SJ, Zhang C, Ahn EH, Gustafson DM, Laé M, Ladanyi M, Barr FG. Identification of PAX3-FKHR-regulated genes differentially expressed between alveolar and embryonal rhabdomyosarcoma: focus on MYCN as a biologically relevant target. Genes Chromosomes Cancer. 2008 Jun;47(6):510-20.
La Dra. Gabriela Mercado Celis obtuvo la Licenciatura de Médico Cirujano en la Facultad de Medicina de la UNAM. Realizó su especialización en Pediatría y Subespecialización en Oncología Pediátrica en el Instituto Nacional de Pediatría. Estudió la Maestría y Doctorado en Ciencias Médicas en la Facultad de Medicina de la UNAM. Posteriormente fue aceptada para realizar un postodoctorado en patología molecular con el Dr. Frederic G. Barr en la Universidad de Pensilvania. En 2006, se incorporó al Instituto Nacional de Medicina Genómica como Investigadora en el Laboratorio de Oncogenómica. A partir de 2015 la Dra. Mercado fue invitada a trabajar en la Universidad Nacional Autónoma de México como jefe del Laboratorio de Genómica Clínica en la División de Estudios de Posgrado e Investigación de la Facultad de Odontología. Es miembro de la Asociación Americana de Investigación de Cáncer (AACR) y de la Asociación Internacional para la Investigación Dental (IADR).
La Dra. Cervantes obtuvo la Licenciatura en Biología en la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México. Realizó la Maestría y el Doctorado en el Posgrado en Ciencias Biológicas, con orientación en Genómica del Cáncer, de la Universidad Nacional Autónoma de México. Posteriormente, realizó una estancia posdoctoral DGAPA en el Laboratorio de Genómica Clínica de la DEPeI, Facultad de Odontología, Universidad Nacional Autónoma de México. En 2021 se incorporó como profesora del Laboratorio de Genómica Clínica de la DEPeI, Facultad de Odontología. Ha participado en proyectos de investigación en cáncer, estudiando las vías de señalización, expresión genética y genómica involucradas en los distintos pasos de la progresión tumoral. Es miembro de la Asociación Americana de Investigación de Cáncer (AACR).
