Líneas de Investigación Laboratorio de Genómica Clínica

En México, el cáncer pediátrico es la primera causa de muerte por enfermedad. Pese a la mejora en el diagnóstico y tratamiento de esta patología, en México, la supervivencia global a 5 años permanece baja en comparación con países de altos ingresos. Además, existen diferencias causales y clínicas entre el cáncer de adultos y el pediátrico, para las cuales, aún existe información escasa respecto al papel de factores genéticos y ambientales. 

Debido a la corta edad al diagnóstico, se ha propuesto que las variantes germinales principalmente en genes de predisposición a cáncer, tienen un papel más importante como factores causales, sin embargo, la frecuencia y espectro de dichas variantes no es del todo conocido. El objetivo de este proyecto es estudiar las bases genéticas y ambientales en cáncer pediátrico, mediante la secuenciación de exoma humano completo por secuenciación masiva paralela (NGS por sus siglas en inglés) en niños con cáncer y sus padres biológicos para identificar la prevalencia de mutaciones germinales y, entender si su origen fue por herencia de alguno o ambos padres o, si se generó de novo por la exposición a un factor ambiental en la etapa preconcepción, gestación o postnatal.   

Actualmente el cáncer de pulmón es la primera causa de muerte por cáncer en México y el mundo, esto debido a un diagnóstico tardío. En México el 85% de los casos son diagnosticados en estadio avanzado, con una sobrevida menor al 10%.  

Aunque existen diversas opciones terapéuticas, el diagnóstico temprano será una mejor herramienta para incrementar la sobrevida de los pacientes.  

La búsqueda de biomarcadores en biofluídos puede ayudar al tamizaje y diagnóstico temprano de población en riesgo.  Existen diversos marcadores biológicos, uno de ellos son perfiles microbianos. Sabemos que las alteraciones en la microbiota afectan la relación simbiótica y pueden promover estadios de enfermedad por lo tanto la utilización de biofluídos como saliva y lavado bronquial, puede ser una alternativa viable. 

El cáncer es una de las principales causas de muerte en niños y adolescentes a nivel mundial. Anualmente, se diagnostican más de 400,000 niños con esta enfermedad. En México es la segunda causa de muerte. Diferentes factores pueden influir en la carcinogénesis. La pérdida del equilibrio en el microbioma a causa de cambios en los factores como, la dieta, estilo de vida o infecciones, pueden alterar la relación simbiótica promoviendo estadios de enfermedad. La diversidad microbiana de la cavidad oral se ha asociado a enfermedades malignas. Los microorganismos orales aumentan la producción de citosinas y otros mediadores inflamatorios que participan en vías metabólicas que pueden estar asociadas con la carcinogénesis. Reportes previos, demuestran que una pobre higiene oral se asocia con algunos tipos de cáncer, como el pancreático, gastrointestinal. Sin embargo, la diversidad taxonómica de la microbiota oral y su papel en el cáncer pediátrico han sido poco estudiadas.     

En nuestro grupo de trabajo tenemos un gran interés en conocer la composición del microbiota oral en pacientes con cáncer infantil, usando la saliva como un fluido diagnóstico, la cual ofrece muchas ventajas en contraste con otras biofluídos, ya que su recolección no requiere métodos invasivos y los riesgos son mínimos, además, puede ser recolectada en situaciones clínicamente difíciles. Nuestro principal objetivo es caracterizar el microbioma oral de saliva en pacientes con cáncer pediátrico mediante secuenciación masiva en paralelo utilizando el sistema MiSeq para el gen ribosomal 16s. Los cambios en el microbioma oral en pacientes con cáncer nos permitirán seleccionar biomarcadores con potencial diagnóstico y pronóstico.  

En México, el cáncer es la principal causa de muerte por enfermedad entre niños de 5 y 14 años.  La saliva humana es un biofluído que proporciona una alternativa no invasiva, fácil y barata comparado con el muestreo de tejido y sangre. En dicho biofluido se pueden encontrar exosomas salivales, que son pequeñas vesículas celulares cuyo tamaño puede variar de 30 a 100 nm, resultado de la fusión de cuerpos multivesiculares con la membrana plasmática, son secretados por todo tipo celular, contienen proteínas, lípidos y ácidos nucleicos como miRNAs, pequeños RNAs que desempeñan un papel central en la regulación de la expresión génica y su expresión aberrante en cáncer. La evidencia de que las células tumorales se comunican a través de la secreción de miRNAs en los fluidos corporales y que estas moléculas pueden empaquetarse en exosomas y entregarse a las células diana ha abierto escenarios interesantes para el uso de estas moléculas como nuevos biomarcadores. El objetivo de este proyecto es: identificar el perfil de miRNAs de exosomas salivales en pacientes con cáncer pediátrico y sin cáncer por medio del análisis por secuenciación masiva paralela.